Οι πυλώνες και οι τομείς ερευνητικής δραστηριότητας που αναπτύσσονται στον Ινστιτούτο διακρίνονται σε

Α. Πυλώνας Αγροδιατροφής

1. Τομέας Βιολογικών & Βιοτεχνολογικών Εφαρμογών
2. Τομέας Φυτοπροστασίας
3. Τομέας Ποιότητας και Ασφάλειας Τροφίμων και Αγροτικών Προϊόντων
4. Τομέας Αξιοποίησης Φυσικών Πόρων, Τοπίου και Περιβάλλοντος

Β. Πυλώνας Υγείας

1. Τομέας Θεραπευτικής και Υπηρεσιών Υγείας
2. Τομέας Πρόληψης και Προαγωγής της Υγείας
3. Τομέας Κοινωνικής Εργασίας και Ψυχολογίας
4. Τομέας Διατροφής και Διαιτολογίας